（1）技术研发部

工程研究中心下设资源勘查室、储层改造及工程管理室和矿山环境保护室，每个研究室依据研究方向进行相关理论和工艺技术研究，进行相关产品的研发工作。

1）资源勘查室：主要负责开展页岩气关键分析测试技术攻关以及页岩储层评价、页岩气勘查选区等方面研究、各类标准制定。方光建为该室负责人，由管理委员会聘任，每届任期3年，负责该室的日常管理、页岩气地质评价方面的立项、研究管理和成果整合等工作。

2）储层改造及工程管理室：主要负责开展页岩储层压裂工艺技术研究、微地震压裂效果监测与评价、压裂液材料研发、页岩气开发动态管控体系研究。陆朝晖为该室负责人，由管理委员会聘任，每届任期3年，负责该室的日常管理、页岩气储层改造以及开发管控方面的立项、研究管理和成果整合等工作。

3）矿山环境保护室：主要负责开展页岩气开发过程中入井材料监测与环境效应评价、水资源保护与治理、废弃物环境影响评价与处理、次生地质灾害监测与治理技术等方面研究。陈立川为该室负责人，由管理委员会聘任，每届任期3年，负责页岩气矿上环境保护方面的立项、研究管理和成果整合等工作。

   （2）应用推广中心

依托工程研究中心法人单位的对外合作平台和战略联盟，应用推广中心与重庆市及周边页岩气勘探开发企业、国家公益性油气调查单位等建立紧密的科研互动合作关系，在页岩气勘查区块设有技术推广应用基地，用于研发产品的应用推广与信息反馈。陆朝晖为应用推广中心的负责人，由管理委员会聘任，每届任期3年，负责中心的研究成果的推广与应用、技术需求以及对外技术交流管理等工作。

（3）综合管理部

综合管理部由办公室、财务室和知识产权室构成，主要负责工程研究中心的行政、人事、财务、法律事务等，包括课题及工程项目招标、合同及知识产权管理、技术成果经营、成果应用信息反馈、技术服务、产学研合作、开放管理等管理工作。邓智为综合管理部负责人，由管理委员会聘任，每届任期3年，负责该部门的各项管理工作。

（4）教育培训部

负责工程研究中心国内外合作与交流、对外科普宣传、技术培训、工程技术人才与工程硕士研究生的培养工作。同时，依托工程研究中心法人单位设立的博士后工作站，开展与中国石油大学（北京）、中国地质大学（北京）等知名高校的博士后流动站交流合作，联合培养页岩气领域博士后，为基础培养高层次科技领军人才。曾春林为教育培训部的负责人，由管理委员会聘任，每届任期3年，负责部门的培训管理、对外宣传以及相关的人才培养管理等工作。